回灌在地熱工程中不僅僅是需要處理利用后廢棄的低溫水，更主要的是保護環(huán)境，位置熱儲壓力，以及加快從熱巖中提取熱量達到可循環(huán)利用的目的。但是，如果采用回灌方法和技術(shù)不當，也可能會對地熱井和地層機構(gòu)造成不同程度的損害，如果在遇到由細小物質(zhì)結(jié)合面生成的斷裂型沉積巖時，有可能發(fā)生這種損害。在20世紀80年代初，在巴黎三疊紀巖層的幾眼回灌井中，物理顆粒的侵入和氣泡堵塞等對井下構(gòu)造通道的損害已受到了人們廣泛關(guān)注。

另一點需要注意的是回灌對熱儲水質(zhì)的影響。無論是利用換熱后的地熱尾水還是地表水系進行回灌，溫度與地層水溫是不同的，由于溫度的變化，物理性質(zhì)可能發(fā)生變化。當回灌入熱儲層，與地熱流體混合，就有可能造成熱流體化學組分變化，導致熱儲層水質(zhì)的變化。

一般基巖回灌是嚴格的全封閉式原水回灌，即地熱水經(jīng)抽水并提取經(jīng)熱交換器換熱后，直接灌入回灌井中。地熱水在完全封閉系統(tǒng)中運行，水質(zhì)基本不受到污染。根據(jù)幾年水質(zhì)統(tǒng)測的結(jié)果分析，回灌前后地熱井各主要離子活度逐年變化不大，說明回灌后對原熱儲層水化學組分沒有造成質(zhì)的變化。

選擇合適的回灌方式是重要的。從平面布置上講，回灌井的布置有“混雜排列”和“邊對邊排列”兩種。前者是生產(chǎn)井和回灌井穿插排列，保持一定的距離；后者是生產(chǎn)井在一邊，回灌井在另一邊，中間有較遠的距離。對這兩種排列方式的優(yōu)劣，專家們看法不一。有的專家支持邊對邊回灌方式，認為這種方式對裂隙熱儲層合適。熱儲層熱導率大，水流速度快(已觀測到示蹤劑重現(xiàn)速度達100m/h)，生產(chǎn)井若離回灌井近，就會發(fā)生熱干擾。但像巴黎盆地那種孔隙型熱儲層，生產(chǎn)井和回灌井成為對井，距離約為1km，計算表明，生產(chǎn)井溫度可以保持30年，以后逐漸降低。溫度下降是緩慢的，可能要5年才下降1~2℃。這些，都和熱儲有關(guān)。回灌井深度的選擇也很重要，它可以比生產(chǎn)井淺、相同或深。在美國蓋塞爾斯地熱田，回灌井一度曾較淺，結(jié)果回灌進去的水又重新被開采出來；后來采用深層回灌，就沒有發(fā)生上述情況。這可能是溫度較低的回灌比重大，容易向下運移的原因。回灌井淺，灌入的水向下流動正好進入生產(chǎn)井；反之，就不會影響生產(chǎn)井?？傊?，回灌方式的選擇取決于地質(zhì)、環(huán)境和經(jīng)濟等綜合因素；但一般地說，邊對邊的、深一些的回灌井布局能避免熱干擾。