藿香薊是一年生草本植物，高50-100厘米，有時(shí)又不足10厘米。無(wú)明顯主根。莖粗壯，基部徑4毫米，或少有纖細(xì)的，而基部徑不足1毫米，不分枝或自基部或自中部以上分枝，或下基部平臥而節(jié)常生不定根。全部莖枝淡紅色，或上部綠色，被白色塵狀短柔毛或上部被稠密開(kāi)展的長(zhǎng)絨毛。