癸甲溴銨通過其所帶的正電荷與微生物細(xì)胞膜上的帶負(fù)電荷的基團生成電價鍵，電價鍵在細(xì)胞膜上產(chǎn)生應(yīng)力，導(dǎo)致溶菌作用和細(xì)胞的死亡；還能透過細(xì)胞膜進入微生物體內(nèi)，使蛋白質(zhì)變性，導(dǎo)致微生物代謝異常，致使細(xì)胞死亡；它還能溶解損傷微生物體表面的細(xì)胞壁，使微生物死亡。

本品能殺滅各種病毒、細(xì)菌、霉菌、真菌等致病微生物，且消毒力不受有機物污染影響，也不受光、熱、硬水、酸堿度、溫度、濕度等的影響。藥效持續(xù)時間長，使用后可持續(xù)10~14天效力，是公認(rèn)的飲水消毒、水質(zhì)改良及控制禽畜疾病的專用消毒劑。