癸甲溴銨通過其所帶的正電荷與微生物細胞膜上的帶負電荷的基團生成電價鍵，電價鍵在細胞膜上產生應力，導致溶菌作用和細胞的死亡；還能透過細胞膜進入微生物體內，使蛋白質變性，導致微生物代謝異常，致使細胞死亡；它還能溶解損傷微生物體表面的細胞壁，使微生物死亡。

本品能殺滅各種病毒、細菌、霉菌、真菌等致病微生物，且消毒力不受有機物污染影響，也不受光、熱、硬水、酸堿度、溫度、濕度等的影響。藥效持續(xù)時間長，使用后可持續(xù)10~14天效力，是公認的飲水消毒、水質改良及控制禽畜疾病的專用消毒劑。