反滲透設備的工藝由于只是利用壓力作為膜分離的推動力、因此分離裝置簡單，容易操作、自控和維修。防止微生物污染的方法通常是采取有效的殺菌處理措施，有及NaClO,ClO2,KMnO4,H22O2、O3、紫外線照射等常規(guī)方法，控制重點是選取合適的殺菌劑，足夠長的接觸時間。對于氯類殺菌劑，投加量一般以進水余氯含量>1mg/L為準，根據(jù)不同的反滲透膜控制合適的殘余氯量。另外還可以采用氧化性和非氧化性殺菌劑(如Na2S2O5、NaHSO350mg/L，異噻唑啉酮15-25mg/L)定期、交替沖擊性、大劑量殺菌，可殺滅系統(tǒng)中大部分微生物，甚至可以穿透粘附于系統(tǒng)中的生物粘泥膜，起到殺滅、剝離作用。再就是嚴格控制給水中的有機物含量(以總有機碳TOC表示不超過2mg/L)，細菌的生長繁殖。同時注意監(jiān)測反滲透系統(tǒng)各環(huán)節(jié)的水中細菌總數(shù)(TBC)以便有效的預防，當發(fā)現(xiàn)有徽生物污染的癥狀時(壓差升高10%，產(chǎn)水量降低10%)應及時采取清洗措施(包括對預處理系統(tǒng)和RO系統(tǒng)的清洗)，以免污染加重。