微生物肥料的種類很多，一般將微生物肥料制品分為兩大類：一類是狹義的微生物肥料，指通過微生物的生命活動，增加了植物營養(yǎng)元素的供應量，包括提高土壤和生產環(huán)境中植物營養(yǎng)元素的供應總量，致使植物營養(yǎng)狀況的改善，進而產量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥；另一類是廣義的微生物肥料，指通過其中的微生物的生命活動，不但能提高植物營養(yǎng)元素的供應量，還能產生植物生長，促進植物對營養(yǎng)元素的吸收利用或有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕農作物病蟲害而促進作物產量的增加。

按微生物種類可分為五大類：①細菌類肥料(如根瘤菌肥、固氮菌肥、解磷菌肥、解鉀菌肥、光合菌肥)；②放線菌類肥料(如抗生菌肥)；③真菌類肥料(菌根真菌肥：包括外生菌根菌劑和內生菌根菌劑)；④藻類肥料(如固氮藍藻菌肥)；⑤復合型微生物肥料，即肥料由兩種以上微生物按一定比例組合形成。

按作用特性可分為兩類：

1、微生物接種劑

利用多孔的物質作為吸附劑(如草炭)，吸附發(fā)酵液而制成菌劑。這種菌劑用于拌種或蘸根，一方面，肥料中的有益微生物通過其生命活動增加植物營養(yǎng)元素的供應，改善植物根際微生態(tài)環(huán)境；另一方面，有益微生物可通過非特拮抗作用，在作物根面、根際與病原微生物形成空間競爭，或降低病蟲害的發(fā)生頻率和危害程度，從而達到作物增產的目的。

2、復合微生物肥料

此類肥料屬于復混肥的范疇其復混內容和形式比較多樣，包括多種微生物的組合、有益微生物與不同添加劑的組合等，其中添加劑包括有機物(畜禽糞便、革炭、褐煤等)、無機物(化肥、微量元素)等多種添加劑的復合制品。

按其功能和肥效可分為以下幾類：①增加土壤氮素和作物氮素營養(yǎng)的菌肥，如根瘤菌肥、固氮菌肥、固氮藍藻肥等；②分解土壤有機質的菌肥，如有機磷細菌肥料、綜合性菌肥；③分解土壤難溶性礦物質的菌肥，如磷細菌肥料、鉀細菌菌肥、菌根真菌肥料；④刺激植物生長的菌肥，如促生菌肥；⑤增加作物根系抗逆能力的菌肥，如抗生菌肥料、抗逆菌類肥料。從微生物肥料發(fā)展的趨勢來看，以復合微生物多功能、適應能力強的生物制劑配合有機肥料生產的有機復合肥，或開發(fā)多功能光合菌肥的市場前景更好。

主要有液劑、粉劑和顆粒三種劑型。

1、液體類

即將菌種投放到無菌罐中進行工業(yè)深層發(fā)酵而成，其中活菌的含量將直接影響到肥料的應用效果。

2、粉劑類

粉劑類是由液體微生物肥料和草炭土等載體混合均勻而產生的，它具有運輸方便、含菌量高、增產效果明顯的特點。

3、顆粒類

顆粒類是液體微生物肥料經過造粒設備進行噴霧、造粒、低溫烘干而產生的，具有運輸方便、施用簡便、保質期長的優(yōu)點。