經(jīng)國內學者和水產(chǎn)養(yǎng)殖愛好者調查分析發(fā)現(xiàn)，造成問題的主要原因體現(xiàn)在以下幾點：

1、總體水平低

目前，受到水處理成本壓力，工廠化養(yǎng)殖大體采用流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖和全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖三種模式。國內大部分企業(yè)普遍采用前兩種形式，真正意義上的全封閉工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖企業(yè)很少，這就會導致與國家密集型循環(huán)水養(yǎng)殖在設備、工藝、產(chǎn)量、收益方面存在相當大的差距。許多地區(qū)采取“廠房外殼+人工養(yǎng)殖池”方法搞工廠化養(yǎng)殖，從外面看起來挺像回事的，但實際上，配套的設施、設備較少，單產(chǎn)很低，盈利不足。

2、基礎研究較弱

循環(huán)水養(yǎng)殖目前仍然沿用著十幾年前的傳統(tǒng)養(yǎng)殖技術和設備，沒有形成以設備系統(tǒng)+高密度生境為前提的養(yǎng)殖工藝技術，導致設備系統(tǒng)沒有發(fā)揮，設備高耗能情況大量存在。

3、系統(tǒng)設備運行成本過高

現(xiàn)基于生物反應的循環(huán)系統(tǒng)運用，耗電設備大量存在，如微濾機、蛋白分離設備、除碳設備、增氧設備等等，導致系統(tǒng)運行能耗高，每年需要支付大量電費，嚴重削弱了了企業(yè)的盈利水平。

4、苗種繁育系統(tǒng)控制水平不高

我國苗種繁育過程全程的人工控制技術尚處于起步階段，低營養(yǎng)條件下的生物膜培養(yǎng)技術、水質智能化控制技術、繁育智能化技術等需要突破，繁育生境人工控制技術需要優(yōu)化和集成。

5、區(qū)域發(fā)展不均衡

沿海地區(qū)依托水資源、科技和經(jīng)濟支持的優(yōu)勢，工廠化養(yǎng)殖發(fā)展速度快，而內陸經(jīng)濟欠發(fā)達地區(qū)，水資源不足、科技水平低，再加之資金不足，發(fā)展緩慢。

6、養(yǎng)殖品種適應性

為了提高養(yǎng)殖效益和競爭，一般選擇生長周期短、多茬養(yǎng)殖、產(chǎn)品價格高、生長速度快、肉質鮮美、養(yǎng)殖技術成熟、市場相對穩(wěn)定和科技附加值高的品種，造成的后果就是養(yǎng)殖品種、方式等雷同，增加了市場競爭、降低了收益。