施用微量元素肥料的方法很多，根據(jù)不同的條件和目的，可作基肥、種肥或追肥。使用時(shí)可直接施入土壤，也可用于作物某個(gè)部分，例如，種子處理或根外噴施等。

土壤施肥。為節(jié)約肥料和提高肥效常采用條施或穴施，但用這種方法，微量元素肥料的利用率較低，在土壤中容易固定，可以與有機(jī)肥一起使用，采用溝施集中的方法，多采用此種方法。土壤施用微量元素肥料有后效，一般可3～4年施用一次。

許多微量元素從缺乏到過量間的濃度范圍相當(dāng)狹窄，因此施入土壤的微量元素肥料必須均勻，或施用含微量元素的大量元素肥料，如含硼過磷酸鈣，含某種微肥的復(fù)合肥料等。也可把微肥元素肥料混拌在有機(jī)肥料中施用。