rTMS的原理與TMS相同：經(jīng)顱刺激時(shí)，脈沖磁場(chǎng)在皮層中間神經(jīng)元產(chǎn)生感應(yīng)電流，作用于脊髓前角運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元產(chǎn)生興奮性突觸后電位，沖動(dòng)沿軸突下行至支配的相應(yīng)肌肉，使其出現(xiàn)收縮動(dòng)作，并通過(guò)肌電圖儀記錄到復(fù)合肌肉動(dòng)作電位。 此外，rTMS與TMS不同的是，在神經(jīng)元不應(yīng)期也能夠進(jìn)行刺激。其機(jī)制可能是高頻率、高強(qiáng)度rTMS，產(chǎn)生興奮性突觸后電位總和，但無(wú)抑制性突觸后電位產(chǎn)生，導(dǎo)致相鄰錐體細(xì)胞形成傳播異常的興奮性，使皮層間的興奮抑制聯(lián)系失平衡。其次，rTMS與TMS的區(qū)別在于可以對(duì)皮層很多部位產(chǎn)生功能性的影響；rTMS可導(dǎo)致線圈下局部皮層腦血流減少，反映了對(duì)此區(qū)域突觸聯(lián)系活動(dòng)的調(diào)整。不同的頻率可能對(duì)皮層代謝有不同影響。高頻刺激(15～25 Hz)可能導(dǎo)致局部代謝水平增高，而低頻刺激(1～5 Hz)可能降低局部代謝水平。因此，對(duì)于不同的腦內(nèi)功能狀況，需用不同的頻率來(lái)調(diào)整。如抑郁癥用高頻率刺激可達(dá)到治療效果。