由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業(yè)在建造自動(dòng)化立體倉庫時(shí)只重視辦公、實(shí)驗(yàn)(包括研發(fā))的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發(fā)展來達(dá)到要求。但是貨架越高，機(jī)械設(shè)備的采購成本和運(yùn)行成本也就越高。除此之外，由于自動(dòng)化立體倉庫內(nèi)優(yōu)選的物流路線是直線形的，但在倉庫設(shè)計(jì)時(shí)往往會(huì)受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網(wǎng)狀)，這會(huì)增加許多不必要的投入和麻煩。

不管自動(dòng)化立體倉庫的自動(dòng)化程度有多高，具體運(yùn)作時(shí)仍需要一定的人工勞動(dòng)，因此工作人員的數(shù)量要合適。人員不足會(huì)降低倉庫的效率，太多又會(huì)造成浪費(fèi)。自動(dòng)化立體倉庫采用了大量先進(jìn)的設(shè)備，因此對(duì)人員的素質(zhì)要求比較高，人員素質(zhì)跟不上，同樣會(huì)降低倉庫的吞吐能力。第三方企業(yè)需要招聘專門的人才，并對(duì)其進(jìn)行專門的培訓(xùn)。

由于數(shù)據(jù)傳輸路徑不通暢或數(shù)據(jù)冗余等原因，會(huì)造成系統(tǒng)數(shù)據(jù)傳輸速度慢，甚至無法傳輸?shù)默F(xiàn)象，因此要考慮自動(dòng)化立體倉庫內(nèi)部以及與第三方企業(yè)上下級(jí)管理系統(tǒng)間的信息傳遞的問題。

自動(dòng)化管理提高了倉庫的管理水平。自動(dòng)化立體倉庫采用計(jì)算機(jī)對(duì)貨品信息進(jìn)行準(zhǔn)確無誤的信息管理，減少了在存儲(chǔ)貨物中可能會(huì)出現(xiàn)的差錯(cuò)，提高了工作效率。同時(shí)，立體自動(dòng)化倉庫在入庫出庫的貨品運(yùn)送中實(shí)現(xiàn)機(jī)動(dòng)化，搬運(yùn)工作安全可靠，減少了貨品的破損率，還能通過特殊設(shè)計(jì)使一些對(duì)環(huán)境有特殊要求的貨品能有很好的保存環(huán)境，比如有毒的貨品，也減少了人在搬運(yùn)貨品時(shí)可能會(huì)受到的傷害。