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就DNA探針和RNA探針的比較，DNA探針在雜交過程中會出現(xiàn)探針雙鏈之間退火的可能，也更傾向于在溶液中形成大分子的探針聚合體，從而影響其滲透能力。而RNA 探針的應(yīng)用，將提高DNA-RNA雜交子的熱穩(wěn)定性。

Tips：RNA探針因其單鏈、高分子結(jié)合力、可適應(yīng)高溫雜交的特性，其檢測特異性和靈敏度均優(yōu)于DNA探針。常用的RNA探針標(biāo)記方法為構(gòu)建質(zhì)粒后進(jìn)行轉(zhuǎn)率合成。通過PCR擴(kuò)增的方法，可以更方便地進(jìn)行RNA探針的制備；RNA探針合成后，還需驗(yàn)證其對目標(biāo)片段檢測的靈敏度和特異性。

惰性多聚體可用來促進(jìn)250個堿基以上的探針的雜交率。對單鏈探針可增加3倍，而對雙鏈探針、隨機(jī)剪切或隨機(jī)引物標(biāo)記的探針可增加高達(dá)100倍。而短探針不需用促進(jìn)劑，因其復(fù)雜度低和分子量小 ，短探針本身的雜交率就高 。硫酸葡聚糖是一種廣泛用于較長雙鏈探針雜交的促進(jìn)劑。這是一種多聚胺，平均分子量為500 000。另一種常見的促進(jìn)劑是聚乙二醇（PEG），PEG分子量?。?000～8000）、粘度低、價(jià)格低廉，但它不能完成取代硫酸葡聚糖。在某些條件下5%～10%硫酸葡聚糖效果較好，若用5%～10%PEG則可產(chǎn)生很高的本底。因此，使用促進(jìn)劑時有必要優(yōu)化條件。



在選用探針時經(jīng)常會受到可利用探針種類的限制。如在建立DNA文庫時，手頭沒有篩選特定基因的克0隆探針，這時就可用寡核苷酸探針來代替。但必須首先純化該基因的編碼蛋白，并測定6個以上的末端氨基酸序列，通過反推的核苷酸序列合成一套寡核苷酸探針。如果已有其它動物的同種基因克0隆，因?yàn)槿祟惡蛣游镩g在同一基因的核苷酸順序上存在較高的同源性，因此可利用已鑒定的動物基因作探針來篩選人類基因克0隆。對于基因核苷酸序列背景清楚而無法獲得克0隆探針時，可采用PCR方法擴(kuò)增某段基因序列，并克0隆人合適的質(zhì)粒載體中，即可得到自己的探針。這種方法十分簡便，無論基因組DNA探針還是cDNA探針都可以容易地獲得，而且，可以建立PCR的基因檢測方法，與探針雜交方法可作對比，可謂一舉兩得。